Incapacidades laborales 🇲🇽 — Cómo funcionan en nómina

Por Employ · 25 de octubre de 2026 · 10 min de lectura

Una incapacidad del IMSS cambia casi todo lo que la nómina calcula ese periodo: días pagados, base del ISR, días cotizados y CFDI. Si se registra como falta, el error pasa a las cuotas del mes.

Aquí se explica la incapacidad desde la nómina: qué paga el patrón y qué paga el IMSS en cada ramo, cómo se ajustan las cuotas, cómo se reporta en el comprobante y un ejemplo completo de quincena. Los certificados, requisitos y duración están en el artículo sobre la incapacidad laboral del IMSS.

¿Cómo se registran las incapacidades en la nómina?

En la nómina, los días amparados por un certificado del IMSS se registran como incapacidad, con folio, ramo y fechas, y no se pagan como salario: el patrón suspende el pago (art. 42 fr. II LFT) y el IMSS entrega el subsidio directamente al trabajador. Por esos días no se cubren cuotas obrero-patronales, salvo el ramo de retiro (art. 31 fr. IV LSS), y la incapacidad se reporta en el CFDI del periodo.

¿Quién paga la incapacidad en cada caso?

La regla general es que la nómina no paga los días de incapacidad: los cubre el IMSS mediante un subsidio calculado sobre el salario de cotización. Lo que cambia entre ramos es el porcentaje y desde qué día se paga:

Ramo	Quién paga	Cuánto	Desde qué día
Riesgo de trabajo	IMSS	100 % del salario de cotización	Primer día
Enfermedad general	IMSS	60 % del último salario diario de cotización	Cuarto día
Maternidad	IMSS	100 % del último salario diario de cotización	42 días antes y 42 después del parto
Maternidad sin 30 cotizaciones semanales	Patrón	Salario íntegro (art. 103 LSS)	Todo el periodo

Dos consecuencias para la nómina:

Los tres primeros días de enfermedad general no los paga nadie por ley. Sólo se pagan si el contrato, el contrato colectivo o la política interna lo prevén; en ese caso son una prestación de la empresa y se pagan en nómina.
El complemento al 100 %, que algunas empresas pagan para que el trabajador no pierda ingreso, también es una prestación propia. La ley no lo exige.

El caso del ramo más frecuente, con sus requisitos de cotización, se desarrolla en incapacidad por enfermedad general.

¿Qué no es una incapacidad?

La licencia de paternidad de cinco días laborables (art. 132 fr. XXVII Bis LFT) es con goce de salario y la paga el patrón. Un justificante de médico particular puede aceptarse como permiso interno, pero no produce subsidio ni libera cuotas.

¿Qué cambia en la nómina del periodo?

Con el certificado verificado, la nómina se ajusta en cuatro puntos:

Días pagados. Se restan del periodo los días amparados por el certificado. Si la empresa paga los tres primeros días o un complemento, se agregan como percepción aparte.
Base del ISR. Como los días de incapacidad no se pagan, la base gravable del periodo baja. El subsidio que entrega el IMSS no pasa por la nómina y está exento de ISR (art. 93 fr. VIII LISR). Lo que la empresa pague por su cuenta durante la incapacidad, en cambio, se trata en principio como ingreso por salarios y se suma a la base.
Días cotizados. Se descuentan los días de incapacidad de los días que causan cuotas, excepto en el ramo de retiro.
CFDI. El comprobante del periodo refleja los días pagados reales y la incapacidad en su nodo correspondiente.

¿Cómo afecta la incapacidad a las cuotas del IMSS?

El art. 31 fr. IV de la LSS establece que, durante las incapacidades expedidas por el IMSS, no es obligatorio cubrir las cuotas obrero-patronales, «excepto por lo que se refiere al ramo de retiro». En la práctica, por cada día de incapacidad:

No se pagan las cuotas de enfermedad y maternidad, invalidez y vida, guarderías, cesantía y vejez ni la cuota obrera.
Sí se paga la cuota patronal de retiro, del 2 % del SBC (art. 168 fr. I LSS).

Esto la distingue de una ausencia sin goce: según la fr. I, en faltas sin goce menores de ocho días el patrón sigue cubriendo enfermedad y maternidad. Registrar una incapacidad como falta hace pagar cuotas que no correspondían y puede omitir la de retiro. Los porcentajes de cada ramo están en cuotas obrero-patronales del IMSS.

Ejemplo: quincena con 5 días de incapacidad

Datos ilustrativos: un trabajador con sueldo mensual de $12,000 y un año de antigüedad recibe un certificado inicial de enfermedad general por 5 días, todos dentro de la misma quincena. Cumple las semanas cotizadas que pide el IMSS y la empresa no paga los tres primeros días.

Salario diario: $12,000 ÷ 30 = $400.
SBC diario (factor mínimo de 1.0493): $400 × 1.0493 = $419.72.
Días pagados por la empresa: 15 − 5 = 10 días. Sueldo de la quincena: 10 × $400 = $4,000, en lugar de $6,000.
Subsidio del IMSS: los días 1 a 3 no se pagan; los días 4 y 5, sí. 60 % de $419.72 = $251.83 diarios × 2 días = $503.66, que el IMSS deposita al trabajador.
Ingreso total del trabajador en la quincena: $4,000 de la empresa + $503.66 del IMSS = $4,503.66, antes de impuestos y cuotas.

Efecto en la cuota obrera

La cuota obrera se calcula sobre el SBC. Con los porcentajes de 2026, el trabajador aporta 0.25 % (prestaciones en dinero) + 0.375 % (gastos médicos de pensionados) + 0.625 % (invalidez y vida) + 1.125 % (cesantía y vejez) = 2.375 % del SBC, más 0.40 % sobre lo que exceda de 3 UMA ($351.93 desde febrero de 2026).

Concepto diario	Cálculo	Importe
Cuota sobre el SBC	$419.72 × 2.375 %	$9.97
Excedente de 3 UMA	($419.72 − $351.93) × 0.40 %	$0.27
Cuota obrera diaria	Suma	$10.24

Con 15 días cotizados la cuota obrera de la quincena sería de unos $153.59; con 10 días baja a unos $102.40. A cambio, el patrón sigue pagando retiro por los 5 días de incapacidad: $419.72 × 2 % × 5 = $41.97.

Si fuera un riesgo de trabajo

Con los mismos datos, pero calificado por el IMSS como riesgo de trabajo, el subsidio sería del 100 % desde el primer día: 5 × $419.72 = $2,098.60. Para la nómina no cambia nada: la empresa sigue pagando 10 días y dejando de cotizar 5. Lo que cambia es el ingreso del trabajador y, más adelante, la siniestralidad que se usa para revisar la prima de riesgo de trabajo de la empresa.

¿Cómo se reporta la incapacidad en el CFDI de nómina?

El complemento de nómina incluye un apartado para las incapacidades del periodo, con el tipo de incapacidad y los días que ampara. Además, los días pagados del comprobante deben coincidir con los días que efectivamente pagó la empresa (en el ejemplo, 10). Las claves de tipo de incapacidad y la forma de llenarlo están en la guía de llenado del SAT; conviene verificarlas en el catálogo vigente, porque se actualiza. La estructura general del comprobante se explica en CFDI de nómina.

Si el certificado llega después de timbrar la nómina, hay que valorar si el comprobante emitido debe cancelarse y sustituirse.

¿Qué efecto tiene en aguinaldo, vacaciones y PTU?

PTU. El art. 127 fr. IV de la LFT considera en servicio activo a las madres trabajadoras en pre y posnatal y a quienes están en incapacidad temporal por riesgo de trabajo; esos días cuentan para el reparto. Para la enfermedad general la ley no hace esa precisión.
Vacaciones. La incapacidad no es descanso, así que los días que coinciden con un periodo vacacional no deberían descontarse del saldo. Conviene fijarlo en la política interna.
Aguinaldo. Si los días de incapacidad reducen o no el aguinaldo es un punto con criterios distintos; se analiza con los demás supuestos en aguinaldo en casos especiales.

Errores frecuentes con incapacidades en nómina

Registrarla como falta. Descuenta el salario, pero genera cuotas de enfermedad y maternidad indebidas y puede omitir la de retiro.
Pagar los días y además dejar que el IMSS pague el subsidio. El trabajador recibe doble por los mismos días si la empresa no tenía prestación pactada.
Olvidar la cuota de retiro. Es la única que sigue causándose durante la incapacidad.
No encadenar certificados subsecuentes. Un día sin certificado deja de ser incapacidad y vuelve a cotizar completo.
Capturar el ramo equivocado. Un riesgo de trabajo registrado como enfermedad general cambia el subsidio y la siniestralidad de la empresa.
No reflejarla en el CFDI. Los días pagados del comprobante no coinciden con la nómina ni con la determinación de cuotas.

¿Cómo puede ayudarte Employ?

El problema de las incapacidades en nómina no es el cálculo, sino el dato: el certificado llega por cualquier canal, a cualquier persona, y a menudo después del corte. Nóminas IA de Employ recibe las ausencias como una novedad más del periodo y calcula la nómina con los días que realmente corresponde pagar, aplicando las reglas del país y las prestaciones propias de cada empresa, como el pago de los tres primeros días o el complemento al 100 %.

Al cerrar, indica qué hizo, qué falta y qué necesita revisión: un certificado sin folio, una incapacidad que se cruza con vacaciones o un subsecuente que no llegó. Esas excepciones las decide una persona. Después prepara impuestos y cuotas, genera y distribuye los recibos y responde las consultas de los empleados sobre los días que se les pagaron.

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Preguntas frecuentes sobre las incapacidades en nómina

¿La empresa paga el sueldo durante una incapacidad?

No por ley. El art. 42 fr. II de la LFT suspende la obligación de pagar salario y el IMSS paga el subsidio. La empresa sólo paga si lo prevé el contrato o su política interna, o en maternidad cuando la trabajadora no reúne las 30 cotizaciones semanales.

¿Quién paga los tres primeros días de enfermedad general?

Nadie por ley: el IMSS paga desde el cuarto día. Si la empresa los paga por contrato o política, se registran en nómina como prestación propia.

¿El subsidio del IMSS aparece en el recibo de nómina?

No como percepción pagada por la empresa, porque lo deposita el IMSS directamente al trabajador. El recibo sí refleja los días de incapacidad y los días pagados.

¿El subsidio por incapacidad paga ISR?

No. Los subsidios por incapacidad están exentos (art. 93 fr. VIII LISR).

¿Se pagan cuotas al IMSS durante la incapacidad?

No, salvo la cuota patronal del ramo de retiro, que sigue causándose por esos días (art. 31 fr. IV LSS).

¿Qué diferencia hay entre una incapacidad y una falta para las cuotas?

En la incapacidad sólo se paga retiro. En una ausencia sin goce menor de ocho días, el patrón sigue cubriendo enfermedad y maternidad (art. 31 fr. I LSS).

¿Cómo se reporta la incapacidad en el CFDI?

En el apartado de incapacidades del complemento de nómina, con su tipo y días. Los días pagados del comprobante deben coincidir con los realmente pagados.

¿Qué pasa si el certificado llega después del cierre?

Se ajusta en el siguiente periodo el salario pagado de más y se revisan las cuotas y el CFDI ya emitido, que puede requerir cancelación y sustitución.

¿Las incapacidades cuentan para la PTU?

Las de riesgo de trabajo y la maternidad, sí: el art. 127 fr. IV de la LFT las considera servicio activo.

¿La incapacidad por maternidad la paga el patrón?

La paga el IMSS al 100 % si la trabajadora tiene 30 cotizaciones semanales en los 12 meses previos. Si no las tiene, el patrón paga el salario íntegro (art. 103 LSS).

Conclusión

En nómina, una incapacidad se traduce en días que la empresa deja de pagar, un subsidio que el IMSS entrega por su cuenta, cuotas que se suspenden salvo retiro y un CFDI que debe reflejar los días reales. El riesgo está en registrarla tarde o como falta, porque el error pasa al salario, a las cuotas y al comprobante. El lugar de la incapacidad dentro del proceso completo se resume en la guía completa de la nómina en México.

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