Bajas médicas e incapacidad temporal: cómo afectan a la nómina
Una baja médica cambia la nómina del mes de arriba abajo: parte del salario se sustituye por un subsidio, unos días los paga la empresa y otros la Seguridad Social o la mutua, el convenio puede añadir un complemento y la cotización sigue su propia regla. Es una de las incidencias que más errores genera porque mezcla normativa, convenio y fechas exactas.
Esta guía explica cómo afecta la incapacidad temporal (IT) a la nómina en España: qué es la base reguladora, qué porcentaje se cobra cada día, quién lo paga, cómo funciona el pago delegado, qué hace el complemento del convenio y cómo se cotiza durante la baja, con un ejemplo completo.
Respuesta rápida
En una baja médica, la nómina sustituye el salario de los días de baja por el subsidio de incapacidad temporal. Por enfermedad común se cobra el 60 % de la base reguladora del día 4 al 20 y el 75 % desde el día 21; los días 4 a 15 los paga la empresa. Por accidente de trabajo se cobra el 75 % desde el día siguiente. Durante la IT se sigue cotizando.
¿Qué es la incapacidad temporal y qué tipos hay?
La incapacidad temporal es la situación de la persona trabajadora que no puede trabajar por enfermedad o accidente y recibe asistencia sanitaria. Está regulada en los artículos 169 a 176 de la Ley General de la Seguridad Social (LGSS). Su duración máxima es de 365 días, prorrogables 180 días más.
Para la nómina, lo primero es identificar la contingencia, porque cambia todo el cálculo:
| Aspecto | Contingencias comunes | Contingencias profesionales |
|---|---|---|
| Causa | Enfermedad común o accidente no laboral | Accidente de trabajo o enfermedad profesional |
| Periodo de carencia | 180 días cotizados en los 5 años anteriores | No se exige |
| Desde cuándo hay subsidio | Desde el 4.º día de baja | Desde el día siguiente a la baja |
| Porcentaje | 60 % días 4 a 20; 75 % desde el 21 | 75 % desde el día siguiente |
| Base reguladora | Base de contingencias comunes del mes anterior | Base de contingencias profesionales del mes anterior, sin horas extra, más la media de horas extra del año anterior |
| Día de la baja | Lo paga la empresa como salario si se ha trabajado | Lo paga la empresa como salario |
Si quieres ver cómo se integra esta incidencia con el resto del cálculo mensual, la guía completa de la nómina española explica el proceso general.
¿Cómo se calcula la base reguladora de la IT?
La base reguladora diaria es la referencia sobre la que se aplican los porcentajes. Se calcula así:
- Contingencias comunes: base de cotización por contingencias comunes del mes anterior a la baja, dividida entre el número de días de ese mes (30 si la retribución es mensual, días naturales si es diaria).
- Contingencias profesionales: base de contingencias profesionales del mes anterior sin horas extra, dividida entre los días, más las horas extraordinarias cotizadas en el año natural anterior divididas entre 365.
Como la base de cotización ya incluye la prorrata de las pagas extraordinarias, la base reguladora también la incluye. Por eso el subsidio cubre, de forma indirecta, una parte de las pagas extra.
Ejemplo: una persona cobra 1.800 € al mes en 14 pagas. Su base de cotización por contingencias comunes es 1.800 + (1.800 × 2 / 12) = 1.800 + 300 = 2.100 €. La base reguladora diaria es 2.100 / 30 = 70 €.
- 60 % de la base reguladora: 42,00 € al día.
- 75 % de la base reguladora: 52,50 € al día.
¿Quién paga cada día de la baja?
En una baja por enfermedad común o accidente no laboral:
- Días 1 a 3: no hay subsidio. La persona no cobra nada por esos días salvo que el convenio establezca un complemento.
- Días 4 a 15: subsidio del 60 % a cargo de la empresa.
- Días 16 a 20: subsidio del 60 % a cargo del INSS o de la mutua.
- Desde el día 21: subsidio del 75 % a cargo del INSS o de la mutua.
En una baja por accidente de trabajo o enfermedad profesional, la empresa paga el día de la baja como salario y, desde el día siguiente, se abona el 75 % a cargo de la mutua o del INSS.
¿Qué es el pago delegado?
Aunque una parte del subsidio corresponda al INSS o a la mutua, normalmente es la empresa la que lo paga en la nómina. Es el pago delegado: la empresa abona el subsidio junto con el resto de la retribución y después lo deduce de la liquidación de cuotas a la Seguridad Social. Para la persona trabajadora, la baja llega en su nómina habitual, con líneas separadas para cada tramo.
El pago delegado es obligatorio para las empresas en las condiciones que fija la normativa; el pago directo por la entidad gestora se reserva a supuestos concretos, como cuando la relación laboral se extingue durante la baja o cuando la empresa incumple su obligación.
Ejemplo completo de nómina con baja por enfermedad común
Seguimos con la persona de 1.800 € al mes en 14 pagas y base reguladora de 70 €. Su convenio no prevé complemento. En junio (30 días) trabaja del día 1 al 5 y está de baja por enfermedad común del 6 al 30, es decir, 25 días.
| Periodo | Días | Concepto | Cálculo | Importe | A cargo de |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 a 5 de junio | 5 | Salario | 1.800 / 30 × 5 | 300,00 € | Empresa |
| 6 a 8 de junio (días 1-3 de baja) | 3 | Sin subsidio | 0 | 0,00 € | Nadie |
| 9 a 20 de junio (días 4-15) | 12 | IT al 60 % | 12 × 42,00 | 504,00 € | Empresa |
| 21 a 25 de junio (días 16-20) | 5 | IT al 60 % | 5 × 42,00 | 210,00 € | INSS o mutua, pago delegado |
| 26 a 30 de junio (días 21-25) | 5 | IT al 75 % | 5 × 52,50 | 262,50 € | INSS o mutua, pago delegado |
| Total devengado | 30 | 1.276,50 € |
Comprobación: 300 + 504 + 210 + 262,50 = 1.276,50 €. De ese total, la empresa recupera 472,50 € (210 + 262,50) al deducirlos de la liquidación de cuotas.
¿Cómo se cotiza durante la baja?
El artículo 144 de la LGSS mantiene la obligación de cotizar durante la incapacidad temporal. Para los días de baja, la base de cotización es la del mes anterior; para los días trabajados, la parte proporcional de la retribución del mes con su prorrata de pagas.
En el ejemplo:
- Días trabajados: 2.100 / 30 × 5 = 350 €.
- Días de IT: 70 × 25 = 1.750 €.
- Base de contingencias comunes de junio: 350 + 1.750 = 2.100 €.
Con contrato indefinido, la cuota del trabajador es del 6,50 %: 2.100 × 6,50 % = 136,50 €, que se descuenta de la nómina aunque el bruto del mes sea menor. La empresa cotiza su parte también por los días de baja. El detalle de cada tipo está en la guía de tipos de cotización a la Seguridad Social.
¿Tributa el subsidio de IT en el IRPF?
Sí. El subsidio de incapacidad temporal es rendimiento del trabajo y se somete a retención, tanto la parte que paga la empresa como la abonada en pago delegado. Si la baja es larga, el descenso de ingresos puede justificar una regularización del tipo de retención.
¿Qué es el complemento de IT del convenio?
Muchos convenios colectivos mejoran la protección legal con un complemento de IT que la empresa paga para que la persona cobre un porcentaje mayor de su retribución, a veces el 100 % desde el primer día. Es una mejora voluntaria: sólo existe si lo prevé el convenio o el contrato.
Ejemplo con complemento al 100 %
Si en el caso anterior el convenio garantizara el 100 % del salario desde el primer día de baja, y tomamos como referencia el salario diario de 60 € (1.800 / 30):
| Días de baja | Subsidio por día | Complemento por día | Días | Complemento total |
|---|---|---|---|---|
| 1 a 3 | 0,00 € | 60,00 € | 3 | 180,00 € |
| 4 a 20 | 42,00 € | 18,00 € | 17 | 306,00 € |
| 21 a 25 | 52,50 € | 7,50 € | 5 | 37,50 € |
| Total | 25 | 523,50 € |
Comprobación: subsidio 976,50 € + complemento 523,50 € = 1.500 € = 25 × 60 €. La nómina de junio sería de 300 + 1.500 = 1.800 €.
Las mejoras de la IT están excluidas de la base de cotización según el artículo 147.2 de la LGSS, pero sí tributan en el IRPF. Cada convenio define también la referencia del 100 % (salario base, complementos fijos o retribución total) y si se aplica sólo a ciertas contingencias o a partir de cierto número de bajas al año.
¿Qué pasa con las pagas extra, las vacaciones y el contrato durante la baja?
- Pagas extraordinarias: dependen del convenio. Como la base reguladora ya incluye su prorrata, muchos convenios descuentan de las pagas la parte correspondiente a los días de IT; otros la mantienen íntegra.
- Vacaciones: si coinciden con una IT, se disfrutan en otra fecha, según el artículo 38.3 del Estatuto de los Trabajadores. Lo explicamos en el artículo sobre vacaciones que coinciden con una baja.
- Extinción del contrato: si el contrato termina durante la baja, la persona pasa a cobrar el subsidio directamente de la entidad gestora y la empresa calcula la liquidación. Revisa el caso en la guía sobre el finiquito durante una baja médica.
¿Cómo se comunica la baja y cómo se refleja en la liquidación de cuotas?
Los partes de baja, confirmación y alta se transmiten por vía electrónica: la persona trabajadora ya no tiene que entregarlos en papel, y la empresa recibe la información a través del Sistema RED. Con esos datos, la empresa debe comunicar los datos adicionales que le pida la entidad gestora y ajustar la nómina.
En el Sistema de Liquidación Directa, la baja crea un tramo distinto dentro del mes: los días de trabajo y los de IT se liquidan por separado y el importe abonado en pago delegado se compensa en el Recibo de Liquidación de Cotizaciones (RLC). Si la nómina y la información de la TGSS no coinciden en fechas o en bases, aparecen discrepancias que conviene corregir antes de confirmar la liquidación. El funcionamiento de estos canales se detalla en el artículo sobre el Sistema RED, SILTRA y Sistema de Liquidación Directa.
Errores habituales con las bajas médicas en la nómina
- Contar mal los días: el día 4 de baja no es el 4 del mes; se cuenta desde la fecha de inicio de la IT.
- Usar la base del mes en curso en lugar de la del mes anterior para la base reguladora.
- Aplicar el 60 % a una baja por accidente de trabajo, que va al 75 % desde el día siguiente.
- No deducir el pago delegado en la liquidación de cuotas, con lo que la empresa paga dos veces.
- Cotizar el complemento del convenio como si fuera salario.
- No revisar la recaída: una nueva baja por la misma causa dentro de los plazos legales puede computarse como continuación de la anterior y cambia el tramo de porcentaje.
¿Cómo puede ayudarte Employ?
Una baja médica empieza fuera de Payroll: en un parte médico, en una comunicación de RRHH o en el aviso de un responsable. Los agentes IA de Employ conectan esa incidencia con la nómina: recogen la fecha de inicio y la contingencia, calculan la base reguladora con la base del mes anterior, reparten los días entre empresa y entidad gestora y aplican el complemento del convenio si existe.
El agente también prepara lo que viene después: las líneas de pago delegado listas para compensar en la liquidación de cuotas, la base de cotización de los días de IT y los avisos cuando algo no cuadra, como un alta comunicada que no llega a la nómina, una recaída que debería sumar días o una discrepancia entre las fechas de RRHH y las de la TGSS. El equipo revisa esas excepciones, no cada baja desde cero.
El resultado es una nómina del mes con la IT ya calculada, conciliada y explicada, lista para validar.
Preguntas frecuentes sobre baja médica y nómina
¿Cuánto se cobra con una baja por enfermedad común?
Nada los tres primeros días, salvo mejora del convenio; el 60 % de la base reguladora del día 4 al 20, y el 75 % desde el día 21. Los días 4 a 15 los paga la empresa y el resto el INSS o la mutua.
¿Cuánto se cobra con una baja por accidente de trabajo?
El 75 % de la base reguladora desde el día siguiente a la baja, sin periodo de carencia. El día en que se produce el accidente lo paga la empresa como salario.
¿Qué es la base reguladora de la incapacidad temporal?
Es la base de cotización del mes anterior a la baja dividida entre los días de ese mes. En contingencias profesionales se suma la media diaria de las horas extraordinarias del año anterior.
¿Se sigue cotizando durante una baja médica?
Sí. El artículo 144 de la LGSS mantiene la obligación de cotizar durante la incapacidad temporal, normalmente con la base del mes anterior a la baja, tanto la empresa como el trabajador.
¿Qué es el pago delegado de la IT?
Es el sistema por el que la empresa abona en la nómina el subsidio que corresponde al INSS o a la mutua y después lo deduce de la liquidación de cuotas a la Seguridad Social.
¿Es obligatorio complementar la baja hasta el 100 %?
No por ley. El complemento de IT sólo existe si lo establece el convenio colectivo o el contrato, que fijan también desde qué día se aplica y sobre qué retribución se calcula.
¿El complemento de IT cotiza a la Seguridad Social?
No. Las mejoras de la incapacidad temporal están excluidas de la base de cotización según el artículo 147.2 de la LGSS, aunque sí tributan en el IRPF como rendimiento del trabajo.
¿Cuánto tiempo puede durar una baja médica?
La incapacidad temporal dura como máximo 365 días, prorrogables otros 180 si se prevé la curación. Agotado ese plazo, el INSS valora la situación de la persona.
¿Se cobran las pagas extra estando de baja?
Depende del convenio. La base reguladora ya incluye la prorrata de las pagas, por lo que muchos convenios descuentan de las pagas extra la parte de los días de IT, mientras que otros las mantienen completas.
¿Hace falta entregar el parte de baja a la empresa?
No. Los partes se transmiten por vía electrónica y la empresa recibe la información de la baja, la confirmación y el alta a través del Sistema RED.